Dos incidentes de colapso han ocurrido en distintos tramos del Tren Maya. En Quintana Roo, la caída de una estructura resultó en heridas para dos obreros, atribuida a problemas en el proceso de asentamiento.
Por otra parte, en Campeche, la falla de varios pilotes durante pruebas de carga se vinculó a errores en el diseño estructural. Además, se han expresado inquietudes ambientales tras el hallazgo de un cenote en el Tramo 5, lo cual ha suscitado cuestionamientos sobre los efectos ecológicos del proyecto. Fonatur ha indicado que se efectúan pruebas de calidad y se reemplazan las estructuras que no las superan, y que algunas demoliciones son parte del proceso constructivo.
